Juicer ist eine Plattform zur Analyse von Hi-C-Daten mit Kilobase-Auflösung. In dieser Distribution sind die Pipeline zum Generieren von Hi-C-Maps aus FastQ-Rohdatendateien und Befehlszeilentools für Feature-Annotationen in den Hi-C-Maps enthalten.

Juicer befindet sich derzeit in der Beta-Version, Juicer Version 1.5. Bei allgemeinen Fragen nutzen Sie bitte die Google-Gruppe.

Wenn Sie weitere Probleme mit der Verwendung von Juicer haben, zögern Sie bitte nicht, uns zu kontaktieren ([email protected]).

Wenn Sie Juicer für Ihre Forschung verwenden, zitieren Sie bitte Neva C. Durand, Muhammad S. Shamim, Ido Machol, Suhas S. Rao, Miriam H. Huntley, Eric S. Lander und Erez Lieberman Aiden. "Juicer bietet ein Ein-Klick-System zur Analyse von Hi-C-Experimenten mit Loop-Auflösung." Cell Systems 3 (1), 2016.

Eine ausführliche Dokumentation finden Sie im Wiki.

FAQs oder neue Fragen finden Sie in unserem Forum: aidenlab.org/forum.html.

In diesem Repository sind die Skripts für die Ausführung von Juicer unter AWS, LSF, Univa Grid Engine, SLURM und einer einzelnen CPU enthalten

/ AWS - Skripte zum Ausführen von Pipelines und zur Nachbearbeitung in AWS

/ UGER - Skripte zum Ausführen von Pipelines und zur Nachbearbeitung unter UGER (Univa)

/ SLURM - Skripte zum Ausführen von Pipelines und zur Nachbearbeitung auf SLURM

/ LSF - Skripte zum Ausführen von Pipelines und zur Nachbearbeitung in LSF BETA

/ CPU - Skripte zum Ausführen von Pipelines und zur Nachbearbeitung auf einer einzelnen CPU BETA

/ misc - verschiedene hilfreiche Skripte

Hardware- und Softwareanforderungen

Juicer ist eine Pipeline, die für die parallele Berechnung in einem Cluster optimiert ist. Juicer besteht aus zwei Teilen: der Pipeline, die Hi-C-Dateien aus Rohdaten erstellt, und den Befehlszeilentools für die Nachbearbeitung.

Entsafter erfordert die Verwendung eines Clusters mit im Idealfall> = 4 Kernen (mindestens 1 Kern) und> = 64 GB RAM (mindestens 16 GB RAM).

Juicer arbeitet derzeit mit der folgenden Ressourcenverwaltungssoftware:

Anforderungen an Entsafterwerkzeuge

Die minimale Softwarevoraussetzung für Juicer ist eine funktionierende Java-Installation (Version> = 1.7) unter Windows, Linux und Mac OSX. Wir empfehlen die Verwendung der neuesten verfügbaren Java-Version, verwenden Sie jedoch nicht die Java Beta-Version. Die Mindestsystemanforderungen zum Ausführen von Java finden Sie unter https://java.com/en/download/help/sysreq.xml

Unter https://www.java.com/download können Sie die neueste Java Runtime Environment (JRE) herunterladen und installieren

Die neueste Version von GNU coreutils kann von https://www.gnu.org/software/coreutils/manual/ heruntergeladen werden.

Burrows-Wheeler Aligner (BWA)

Die neueste Version von BWA sollte von http://bio-bwa.sourceforge.net/ installiert werden.

CUDA (für HiCCUPS Peak Calling)

Sie benötigen eine NVIDIA-GPU, um CUDA zu installieren.

Anweisungen zur Installation der neuesten Version von CUDA finden Sie auf der NVIDIA Developer-Website.

Die in Juicer enthaltenen nativen Bibliotheken sind für CUDA 7 oder CUDA 7.5 kompiliert. Siehe die Download-Seite für Entsafter-Tools.

Andere Versionen von CUDA können verwendet werden, Sie müssen jedoch die entsprechenden nativen Bibliotheken von JCuda herunterladen.

Verwenden Sie für eine optimale Leistung eine dedizierte GPU. Möglicherweise können Sie auch über Amazon Web Services oder eine lokale Forschungseinrichtung auf GPU-Cluster zugreifen.

Neue Gläser bauen

In der Juicebox-Dokumentation unter https://github.com/theaidenlab/Juicebox finden Sie Details zum Erstellen neuer Gläser für die Juicer_tools.

Führen Sie die Juicer-Pipeline in einem Cluster Ihrer Wahl mit "juicer.sh options" aus.

  • Juicer ohne Argumente ausführen Läuft mit genomeID hg19 und Site MboI
  • Bereitstellung einer Genom-ID: Wenn dies nicht im Skript definiert ist, können Sie das Skript entweder direkt ändern oder dem Skript die erforderlichen Dateien bereitstellen. Sie würden dem Skript die benötigten Dateien über "-z reference_sequence_path" (die BWA-Indexdateien müssen sich im selben Verzeichnis befinden), "-p chrom_sizes_path" (dies sind die Chromosomen, die in der .hic-Datei enthalten sein sollen) und "- s site_file "(dies ist die Auflistung aller Stellen der Restriktionsstelle, eine Zeile pro Chromosom). Beachten Sie, dass in diesem Fall keine Ligationsverknüpfung definiert wird. Das Skript (misc / generate_site_positions.py) kann Ihnen beim Generieren der Datei helfen
  • Bereitstellung eines Restriktionsenzyms: Wenn dies nicht im Skript definiert ist, können Sie das Skript entweder direkt ändern oder die benötigten Dateien wie oben beschrieben über das Flag "-s site_file" bereitstellen. Wenn Sie keine Analyse auf Fragmentebene durchführen möchten (wie bei einem DNAse-Experiment), sollten Sie alternativ die Site "none" zuweisen, wie in juicer.sh -s none
  • Verzeichnisaufbau: Juicer erwartet, dass die FastQ-Dateien in einem Verzeichnis unterhalb des Verzeichnisses der obersten Ebene gespeichert werden. Z.B. HV001 / fastq. Standardmäßig ist das Hauptverzeichnis das Verzeichnis, in dem Sie sich befinden, wenn Sie Juicer starten. Sie können dies über das Flag -d ändern. Fastqs können gezippt werden. topDir / splits werden erstellt, um die temporären geteilten Dateien zu enthalten und sollten gelöscht werden, sobald Ihr Lauf abgeschlossen ist. topDir / align wird für die endgültigen Dateien erstellt, einschließlich der hic-Dateien, der Statistiken, der gültigen Paare (merged_nodups), der Kollisionen und der Feature-Anmerkungen.
  • Warteschlangen sind kompliziert und es ist wahrscheinlich, dass Sie das Skript für Ihr System ändern müssen, obwohl wir unser Bestes getan haben, um dies zu vermeiden. Standardmäßig gibt es eine kurze und eine lange Warteschlange. Außerdem können Sie Wartezeiten für diese Warteschlangen eingeben. Dies wird derzeit von den Versionen UGER und SLURM ignoriert. Die kurze Warteschlange sollte in der Lage sein, die Ausrichtung einer geteilten Datei abzuschließen. Die lange Warteschlange ist für Aufträge gedacht, die eine Weile dauern werden, beispielsweise das Schreiben der Datei merged_sort
  • Stückgröße ist eng mit Ihren Warteschlangen verbunden. Ein kleinerer Block bedeutet mehr Ausrichtungsaufträge, die in kürzerer Zeit ausgeführt werden. Wenn Sie eine feste Grenze für die Anzahl der Jobs haben, möchten Sie keine zu kleine Blockgröße. Wenn Ihre kurze Warteschlange eine sehr begrenzte Laufzeit hat, möchten Sie nicht zu groß sein. Die Laufzeit für die Ausrichtung hängt auch von den Einzelheiten Ihres Clusters ab. Wir starten

5 Jobs pro Stück. Die Blockgröße muss ein Vielfaches von 4 sein.

  • Relaunch über das gleiche Skript. Geben Sie juicer.sh options -S stage ein, wobei "stage" eine der folgenden Optionen ist: Merge, Dedup, Final, Postproc oder Early. "merge" ist für den Fall, dass die Ausrichtung abgeschlossen ist, merged_sort jedoch nicht erstellt wurde. "dedup" ist für den Fall, dass merged_sort vorhanden ist, jedoch keine merged_nodups-Jobs vorhanden sind. "final" ist für den Fall, dass merged_nodups vorhanden ist und Sie möchten In den Statistiken und HIC-Dateien steht "postproc" für die HIC-Dateien, die nur Funktionsanmerkungen enthalten sollen, und "early" für die vorzeitige Beendigung, bevor HIC-Dateien erstellt werden. Wenn Ihre Jobs in der Ausrichtungsphase fehlgeschlagen sind, führen Sie relaunch_prep.sh und dann juicer.sh aus.
  • Verschiedene Optionen include -a 'experiment description' (Versuchsbeschreibung), mit der die Versuchsbeschreibung der Statistikdatei und den Metadaten in der HIC-Datei hinzugefügt wird. -r (Ermöglicht die Verwendung von bwa aln anstelle von bwa mem, nützlich für kürzere Lesevorgänge. -R end) Wenn Sie ein kurzes und ein langes Leseende haben und das kurze Ende an bwa aln und das lange Ende an bwa mem ausrichten möchten, muss -D Juicer-Skriptverzeichnis über Skripte verfügen, um ein alternatives Juicer-Verzeichnis festzulegen /, referenzen / und einschränkungsseiten / darunter
  • Verwendung der Befehlszeilentools

    Eine ausführliche Dokumentation zu den Kommandozeilen-Tools finden Sie im Wiki:

    Verwenden Sie zum Starten der Befehlszeilentools das Shell-Skript „juicer_tools“ unter Unix / MacOS oder geben Sie Folgendes ein

    Es gibt verschiedene Arten von Juicer_Tools, die von der CUDA-Version abhängen. Wenn Sie keine GPUs verwenden, sind diese Versionen gleichwertig. Andernfalls verwendet juicer_tools.X.X.jar die CUDA-Version X.X.

    Für HiCCUPS-Schleifenaufrufe ohne Shell- oder Bat-Skript müssen Sie die folgenden Flags aufrufen: java -Xms512m -Xmx2048m -Djava.library.path = path / to / natives / -jar juicer_tools.jar hiccups.

    Dabei ist path / to / natives der Pfad zu den für Jcuda verwendeten nativen Bibliotheken. Diese befinden sich standardmäßig im Ordner lib / jcuda.

    In den Kommandozeilenwerkzeugen gibt es mehrere Analysefunktionen:

    1. apa zur Durchführung von aggregierten Peakanalysen
    2. Schluckauf zum Kommentieren von Loops
    3. Motive zum Auffinden von CTCF-Motiven
    4. Pfeilspitze zum Kommentieren von Kontaktdomänen
    5. Eigenvektor zur Berechnung des Eigenvektors (erster PC) des Pearson's
    6. Birnen für die Berechnung der Pearson's

    Unsere Aufgabe

    Wir unterstützen eine gesündere Lebensweise unserer Kunden, indem wir sie dabei unterstützen, nahrhafte Vollwertkost effektiv in ihre Ernährung einzubeziehen.

    • Kontinuierliche Innovation
    • Einfach zu bedienen und zu reinigen
    • Gesünderes Familienleben
    • Kundenzufriedenheit

    Wofür ist diese Seite?

    Hiermit können NuROM-Benutzer die gesammelten Informationen über die Anwendung und alle von ihnen durchgeführten ROM-Optimierungen teilen und bearbeiten. Wenn Sie irgendetwas haben, von dem Sie glauben, dass es für andere nützlich ist, die NUROM verwenden, können Sie hier nach Belieben Dinge hinzufügen oder ändern.

    Sie können einen unabhängigen Diskussionsthread hier lesen / daran teilnehmen: www.1src.com Die meisten Informationen auf dieser Website stammen aus diesem Thread und dem T | X-Forum.

    Klicken Sie hier, um auf Links zu NUROM zuzugreifen

    Wo kann ich es bekommen und wie viel kostet es?

    Sie können die Datei direkt von www.palmpowerups.com herunterladen
    Kosten: 18,95 USD
    Zahlung: Kontaktieren Sie Dmitry www.palmpowerups.com mit der eindeutigen ID, die beim Start angezeigt wird.
    Registrierung: Schlüsseldatei. Wenn nuRom es im RAM findet, sind Sie registriert und es handelt dementsprechend. Andernfalls befinden Sie sich im Testmodus.

    Ist das riskant?

    Diese und andere Websites haben Informationen veröffentlicht, um die Risiken zu minimieren.

    NuROM wurde geschrieben, um einige der Probleme zu umgehen, die ein Gerät unbrauchbar machen würden. NuROM ist jedoch eine leistungsstarke Anwendung, mit der ein Benutzer Dateien entfernen kann, die ein Gerät in einen unbrauchbaren Zustand versetzen. Während des Flash-Schreibvorgangs können Unterbrechungen auftreten, z. B. Stromausfall oder Entfernen der SD-Karte. Diese Ereignisse würden das Gerät unbrauchbar machen.

    - Verwenden Sie diese Informationen auf eigenes Risiko. - Lesen Sie weiter, und es könnte dazu führen, dass Ihr Gerät unbrauchbar wird.

    Wenn Sie Ihr Gerät nach der Verwendung von NuROM nicht booten können (endloser Boot-Zyklus): ENTFERNEN SIE DIE STROMVERSORGUNG NICHT UND SCHALTEN SIE ES NICHT AUS, und wenden Sie sich umgehend an Dmitry

    Juicero

    Privatgelände SchicksalGeschlossen Gegründet2013, vor 6 Jahren (2013) GründerDoug Evans Verstorben1. Dezember 2017, vor 22 Monaten (01.12.2017) HauptquartierSan Francisco, Kalifornien Vereinigte Staaten Jeff Dunn, CEO 2016 - 2017 ProdukteEntsafter, Saftpackungen 232 (Juni 2017) Webseitejuicero .com Dead Link

    Juicero war ein Unternehmen, das ein Gerät zum Entsaften von Obst und Gemüse herstellte. Das Produkt des Unternehmens hieß Juicero Press, ein Entsafter mit Wi-Fi-Verbindung, bei dem Portionspackungen mit vorgesaftetem Obst und Gemüse verwendet wurden, die ausschließlich im Abonnement des Unternehmens verkauft wurden. Das in San Francisco ansässige Unternehmen erhielt ab 2014 Start-up-Risikokapital in Höhe von 120 Millionen US-Dollar von Investoren wie Kleiner Perkins Caufield & Byers und Alphabet Inc. Am 1. September 2017 gab das Unternehmen bekannt, dass der Verkauf des Entsafter und der Päckchen eingestellt wurde. Rückkauf des Entsafter von seinen Kunden und Suche nach einem Käufer für das Unternehmen und sein geistiges Eigentum.

    Geschichte

    Juicero wurde 2013 von Doug Evans gegründet, der bis Oktober 2016 als CEO fungierte und im Januar 2017 aufgrund des schleppenden Verkaufs des Geräts 12 bis 18 Monate vor dem geplanten Termin auf 399 USD gesenkt wurde.

    Druckverpackungen mit Frucht- und Gemüsemischungen kosten zwischen 5 und 7 US-Dollar und haben eine begrenzte Lebensdauer von ca. 8 Tagen. Jede Packung hatte einen QR-Code, der von dem mit dem Internet verbundenen Gerät gescannt und verifiziert wurde, bevor er verwendet werden konnte. CEO Jeff Dunn behauptete, dies solle verhindern, dass Verpackungen nach ihrem Verfallsdatum verwendet werden, und Rückrufe in Bezug auf die Lebensmittelsicherheit erleichtern, obwohl die Kritiker der Ansicht waren, dass die Funktion eine Form der Verwaltung digitaler Rechte sei, da sie den Betrieb der Presse mit jeder Produktverpackung verhindern würde von der Firma gemacht. Das Industriedesign für die Presse wurde vom Studio Fuseproject von Yves Behar in San Francisco fertiggestellt.

    Kontroversen

    2017 war Juicero das Ziel von Juicero. Das Unternehmen verteidigte sein Produkt und seinen Prozess und behauptete, dass das Zusammendrücken von Packungen von Hand zu übermäßigem Chaos und einer schlechten Benutzererfahrung geführt habe. Später bot das Unternehmen Kunden, die mit seinem Press-Gerät nicht zufrieden waren, die volle Rückerstattung an.

    Nach dem Zerlegen des Geräts schrieb der Risikokapitalgeber Ben Einstein, dass "Juicero´s Press ein unglaublich kompliziertes Stück Technik ist", dass die Komplexität jedoch unnötig war und wahrscheinlich auf einen Mangel an Kostenbeschränkungen während des Designprozesses zurückzuführen ist. Eine einfachere und billigere Implementierung, so vermutete Einstein, hätte wahrscheinlich die gleiche Saftqualität zu einem um mehrere hundert US-Dollar günstigeren Preis hervorgebracht.

    Juicero reichte im April 2017 beim Bundesgericht eine Beschwerde gegen ein konkurrierendes Kaltpress-Entsaftungsgerät, die Froothie Juisir, ein, das angeblich gegen sein Patent verstoßen und Juiceros Handelskleid kopiert haben soll.

    Beschreibung

    Der vertikale Entsafter Sana 808 macht unglaublich glatten Saft. Mit einer revolutionären niedrigen Drehzahl von nur 43 U / min arbeitet er fast halb so schnell wie die ursprünglichen vertikalen Entsafter mit niedriger Drehzahl. Diese niedrige Geschwindigkeit in Kombination mit der eng anliegenden neuen zweischneidigen Schnecke bedeutet, dass mehr Saft aus Obst und Gemüse abgesiebt wird. Die Faser wird auf ein noch geringeres Maß abgebaut, wodurch ein glatterer, nährstoffreicherer Saft entsteht. Dieses langsame und schonende Auspressen hält gesunde Enzyme intakt, reduziert den Wärmestau, verzögert die Oxidation und verlängert die Haltbarkeit des Saftes.

    Der Sana 808 saftet effektiv Obst, Gemüse, Blattgemüse und sogar Weizengras. Es produziert konstant köstlich glatten Saft mit fast keinem Schaum. Darüber hinaus macht der Sana EUJ-808 köstliche Nussmilch. Wenn Sie Smoothies mögen, verarbeitet der 808 problemlos frisches Obst, Joghurt, Milch und sogar Avocados. Aufgrund des verschließbaren Saftverschlusses können verschiedene Zutaten vor der Saftabgabe miteinander vermischt werden.

    Das neue TWIN WINGED AUGER besteht aus hochbeständigem GE Ultem und alle Teile des Sana 808 sind BPA-frei. AUTOMATISCHE PULPENAUSWURF ermöglicht es Ihnen, kontinuierlich Saft. Aufgrund der niedrigen Drehzahl arbeitet der Sana 808 sehr leise. Ein weiterer Vorteil des 808 ist der AUTOMATISCHE REINIGUNG. Dieses System wischt das Entsaftungssieb ständig ab, hält es von Fasern frei und lässt es mehr Saft extrahieren. Wenn Sie mit dem Entsaften fertig sind, ist der Reinigungsprozess viel schneller und einfacher.

    Wenn Sie etwas Fruchtfleisch in Ihrem Saft mögen, kommt der Sana 808 mit einem GROBBILDSCHIRM Neben dem feinen Bildschirm. Dies ist ideal für Säfte wie Orange oder Ananas, die manche Leute mit leckerem Fruchtfleisch bevorzugen.

    Das Design des Sana 808 ist kompakt, zeitgemäß und effizient. Es extrahiert nicht nur den größtmöglichen Saft aus Obst und Gemüse, sondern liefert aufgrund der langsamen Technologie auch den gesündesten Saft.

    STOFF GEGEN BEUTEL

    Bist du ein Stoff- oder ein Sackentsafter? PURE Juicer hat einige überfällige Forschungen auf dem Gebiet des Filtermaterials durchgeführt, das in Drucktüchern und Beuteln verwendet wird. Wir haben ein hochmodernes, lebensmittelechtes Material entwickelt, das nicht zum Verstopfen neigt und das gepresste Fruchtfleisch leicht freisetzt. Unser Material wurde für die Anforderungen des hydraulischen Hochdruckpressens einer zweistufigen Entsafter entwickelt und ist so ausgelegt, dass es sich leicht falten lässt, Fasern einfängt und dennoch frei ist.

    ZITRUS-PRESSE-METHODE

    Nachdem ich mit dem PURE Juicer viel entsaftet habe und der Erfinder / Ingenieur bin, verbringe ich viel Zeit damit, herauszufinden, wie ich das Beste aus meinem PURE herausholen kann. Das Folgende ist, was ich entdeckt habe, ist eine großartige Möglichkeit, Zitronen und Limetten zu entsaften. Ich habe festgestellt, dass der PURE Press Bag ein idealer Weg ist, um kleine Zitrusfrüchte zu entsaften. Platz zu zweit.

    DREI-TUCH-PRESSE-METHODE

    Was ist der beste Weg, um viel Saft herzustellen? Ich verbringe viel Zeit damit, herauszufinden, wie man am besten Saft herstellt. Das Folgende ist, worauf ich mich als einfache, schnelle und effiziente Methode festgelegt habe, um ungefähr 2 Liter Saft in weniger als 30 Minuten herzustellen. Der Vorteil von jeweils einem Presspaket und teilweisem Pressen ist.

    Was kann ich tun, um dies in Zukunft zu verhindern?

    Wenn Sie wie zu Hause über eine persönliche Verbindung verfügen, können Sie auf Ihrem Gerät einen Antivirenscan ausführen, um sicherzustellen, dass es nicht mit Malware infiziert ist.

    Wenn Sie sich in einem Büro oder einem freigegebenen Netzwerk befinden, können Sie den Netzwerkadministrator auffordern, im gesamten Netzwerk nach falsch konfigurierten oder infizierten Geräten zu suchen.

    Eine weitere Möglichkeit, um zu verhindern, dass diese Seite in Zukunft angezeigt wird, ist die Verwendung von Privacy Pass. Möglicherweise müssen Sie Version 2.0 jetzt aus dem Chrome Web Store herunterladen.

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